微生物肥料：含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。
　　微生物肥料包含微生物接種劑（農用微生物菌劑）、復合微生物肥料、生物有機肥。
　　1.農用微生物菌劑：目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁后加工制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用；應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。
　　2.復合微生物肥料：目的為生物經工業化生產增殖后與營養物質復合而成的活菌制品。
　　3.生物有機肥：特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源，并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
　　微生物菌劑與微生物菌肥的區別　
　　菌劑是農用微生物菌劑的簡稱，對應的標準是《農用微生物菌劑》（即微生物接種劑）（GB20287-2006），是指1種或1種以上的目標微生物經工業化生產擴繁后直接使用或僅與利于該培養物存活的載體吸附所形成的活體制品，它是菌肥大類的其中一種。
　　菌肥是老百姓和部分經銷商對微生物肥料的簡稱，是指目標微生物經工業化生產擴繁后與營養物質等復合而成的、含有該培養物活體的制品，它在單位面積上的用量較大，目前可分為復合微生物肥料、生物有機肥和農用微生物菌劑，即涵蓋菌劑。
　　“微生物肥料”和“微生物菌劑”，一字之差區別大
　　菌肥一般包裝較大，多為40kg，也有25kg和50kg包裝的，一般畝用量較大，按照目前全國各地畝有機質含量在1.0%左右的情況，一般果樹要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市場價格比較集中在2000-3000之間，以逐步成為市場的主流肥料。一般復合微生物肥料和生物有機肥的每畝使用量超過200kg，而農用微生物菌劑在單位面積上的用量少，一般每畝用量2-5kg。
　　一般農用微生物菌劑簡稱菌劑，是小肥料，是配劑。把復合微生物肥料和生物有機肥簡稱菌肥，是大肥料。
　　微生物菌劑與微生物菌肥的聯系
　　在國家標準制定中，微生物菌劑是微生物肥料中的一類，目前在微生物菌劑產品登記的152種菌種中，使用頻率較大的前10位菌種分別為：枯草芽孢桿菌、膠凍樣類芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌、釀酒酵母、側孢短芽孢桿菌、細黃鏈霉菌、植物乳桿菌、黑曲霉，其中芽孢桿菌占75%。
　　目前在市場上推廣時，微生物菌劑按內含的微生物種類或功能特性分為：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑；劑型以液體為主，也有粉劑、顆粒型。
　　根據不同地區不同作物，微生物菌劑大多以4種方式使用，作底肥每畝用量2kg，耕地時均勻撒施；作追肥，每畝用量1-2kg追施；作滴灌與沖施，取清液配合常規肥料澆灌，殘渣作基肥用，改良土壤；作種肥，適量拌種，按常規育苗或播種方法使用。